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元和7年（1621年）に徳川秀忠の寄進によって建立された三門。高さ約24メートルの国内最大の三門で、国宝に指定されている。三門の三は、空、無想、無作の三解脱を意味する。

寛永16年に建立された御影堂（みえいどう）。知恩院の本堂。

元和7年に徳川秀忠によって建立された経蔵。文政10年（1827年）、平成12年（2000年）に修理がおこなわれている。

享禄3年（1530年）に建立された勢至堂。御影堂が建立されるまでは知恩院の本堂であった。なお、勢至堂がある地は、法然終焉の地である。

法然の遺骨を納めている御廟（ごびょう）。慶長18年（1613年）に改築。

知恩院を火災から守る濡髪童子を祀っている濡髪大明神（ぬれがみだいみょうじん）。縁結びの神として信仰されている。

濡髪大明神の近くにある千姫の墓。千姫は徳川秀忠の娘で、豊臣秀頼に嫁いだが、大坂夏の陣で豊臣家が滅亡した後、徳川家に戻った。

三門の南にある宮崎友禅ゆかりの友禅苑。東山の湧水を配した庭と枯山水庭園からなる。

寛永18年に建立された大方丈。建物内には、狩野派の作の襖絵や障壁画がある。

大方丈の前にある池泉回遊式庭園の方丈庭園。

寛永18年に建立された小方丈（こほうじょう）。江戸時代には将軍上洛時の宿とされた。

阿弥陀如来二十五菩薩来迎図を基に作庭した二十五菩薩の庭。

徳川家康、秀忠、家光の霊を祀る権現堂（ごんげんどう）。昭和49年（1974年）に再建された。

知恩院で最も高い場所にある山亭庭園。幕末から明治時代にかけて改修された。

延宝6年（1678年）に建立された大鐘楼。重さ約70トンの大鐘を吊るしている。