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5月1日から5日に行われる藤森祭の中でも、5日に催される駈馬神事が有名。長い参道を馬場として行われる。競馬の必勝祈願のために参拝する人もいる。

神功皇后が新羅攻略から凱旋後、旗と武器を納めた場所に「いちの木さん」として親しまれる注連縄（しめなわ）が巻かれた木がある。腰痛が治るといわれ、新撰組の局長であった近藤勇も腰痛を治したと伝えられる。

藤森神社は、菖蒲の節句発祥の地とされる。節句に飾る武者人形には、藤森の神が宿ると言われており、その象徴として神鎧像（かむよろいぞう）が建立された。

本殿の背後西にある藤森神社の摂社。磐長姫命（いわながひめのみこと）を祀る。平安遷都の際に王城鎮護のため都の四方に祀られた南の守護神。

藤森神社に功労功績を残した人々の御神霊を祀る祖霊社。

本殿の背後東にある藤森神社の摂社。応神天皇を祀る。

祭神の舎人親王（とねりしんのう）は、日本書紀の編纂を主催したことで知られる。

昔は7つの塚があり七ツ塚とも呼ばれていた蒙古塚。蒙古の将兵と戦利の兵器を納めた場所である。

安永8年（1779年）に伏見奉行に着任した小堀政方の暴政を江戸幕府に訴え、奉行を罷免させた7人の伏見義民の1人である焼塩屋権兵衛の碑。

天明7年（1788年）に獄中死する。